丹尼•达可（杰克•盖伦霍尔饰）患有肉体疾病，某天早晨他遭到莫名的呼唤，梦游，也因此逃避了一架飞机坠落在他房间天花板上，这样匪夷所思的事故。　　自此以后，他的生活就发作了变化，频频出现幻觉，他时常看见一个兔人弗兰克，后者通知他世界将在28天6小时48分12秒以后消灭；他失掉了一本书，《时空游览奥义书》，对书中提到的时空游览、离线宇宙发生了剧烈的猎奇。　　随着世界末日的临近，杰克的生活越来约诡异，

在电影FTF里出现的变种alien从一个基因技术研究公司的员工肚子里钻出来逃跑了。Mulder和Scully找到了Gibson，他带Mulder去找那个alien。Scully证明出Gibson可能是外星人（所有人类都可能是）。X档案现在由Spender和Fowley主管。Gibson最后又不见了。

特工艾利克隶属FBI海外秘密部门，因执行义务失败被免职，以维修电话为生。一伙雇佣兵闯入艾利克父亲所在的化工厂，希图炸掉化工厂释放神经毒气要挟政府释放重刑犯克鲁格并索要2千万美金的钻石做为赎金。若毒气被释放，整个城市几百万人口将无一幸存。艾利克经过维修电话线路不测收听到强盗与政府的买卖，单枪匹马潜入化工厂。殊不知这是FBI谋划的一场阴谋，意图除掉艾利克。深陷危机的艾利克只能搏命回击，与FBI幕后黑手