第二集中，尼奥（基努·里维斯KeanuReeves饰）没有能从外部摧毁“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于苏醒，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个中央由“火车人”控制。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩LaurenceFishburne饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯Carrie-AnneMoss饰）等人知道了尼奥的状况，在守护天使的率领下，找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇，经过一番激斗