剧情以未来想像的年代作为配景，亚细亚联邦共和国与欧洲结合两大阵营战斗五十年，亚细亚联邦共和国虽然终获得成功，但得到的国土却是充满化学兵器与辐射污染的荒凉大地，亚细亚联邦共和国的军政府亟欲找出细胞迅速重生滋生的方式，卖力该项重大试验的东博士，获得军事政府的支撑，但是他却距离研讨胜利仅此一步，某天天外降临的神秘力气促使完结他的细胞重生研讨，但也让从四处收集来的战乱就义者尸体重返人世，这些让人类无法接收

20世紀から約1000年後の未来、外宇宙へと進出した地球人は、謎の異星人イルミダス星人との戦いに敗れ、難民化した地球人は絶望し、イルミダス占領下の地球へ失意の帰還をしていた。 そんな屈辱の中、難民達を地球へと送り届けていた若き日のハーロックの大山トチローとエメラルダスとの運命の出会い、そしてハーロックが愛した生涯ただ一人の女性マーヤへの愛と別れを描く。ハーロック一族の先祖ファントム・F・ハーロック