银河共和国的克隆军队与割裂同盟的机械人军队交兵正炙，尤达大师派极地学徒亚苏卡•谭诺作为阿纳金的学徒介进克里斯多菲斯星战争。杜库伯爵计划绑架了塔图因星贾霸的季子，尽地长老院为了取得银河星系中央的通路权，战争终了后派阿纳金，亚苏卡和机械人R2带领克隆军队前往挽救人质，而欧比-旺•肯诺比则往塔图因星贾霸处商议同盟事件。阿纳金一行在泰斯星一处寺院遭受割裂同盟的机械人军队及西斯军人阿萨基•文翠斯，固然救回贾

在2018年圣迭戈漫控（SDCC）的《星球大战：克隆人战斗》10周年座谈会上，导演戴夫·菲洛尼宣布 ，《星球大战：克隆人战斗》将在迪士尼流媒体平台上再播十二集全新的故事——它们被称为“《克隆人战斗》获救版”（CloneWarsSaved）。