夜色沉沉的东京新宿站，劳碌一天的人们依旧行色匆匆，仿佛从不知停歇的工蜂。然而却有一群正处在青春期的女孩绽放着无忧无虑的笑容。她们身穿着不同款式的校服，似乎早已约好一般同时来到这里，女孩们在月台前一字排开，手拉手齐齐跳向飞驰而来的列车。一时间血光四溅，54个鲜活的生命瞬间消失。　　　这一事件轰动全国，与此同时类似集体自杀的事件愈演愈烈，甚至连调查此案的警官黑田敏春（石橋凌饰）及其家人也受到波及。黑田

正在调查坠落在太平洋上的不明飞行物体的海上自卫队二尉有动贵文（大澄贤也），遇到了突然出现的蓝光，受发光体的影响，导致遗传因子标准的变质，变成了凶恶的怪兽THEONE。之后，他（THEONE）从防卫厅内的特殊机关BCST（对生物工程学的研究机关）的监视下逃走，从此就没了音训。另一方面，航空自卫队F15J飞行员真木舜一（别所哲也），为了多点时间陪伴患有先天性疾病的儿子继梦决定辞去官职。在最后一次飞行中