城市中出現了來歷不明的光病毒。SRC中的Eyes隊成員為要確認光源搜尋至鏑矢島，遇上了對怪獸充滿愛心的預備飛行員春野武藏。此時，光病毒入侵怪獸力特里亞斯體內，力失控，Eyes準備向力發動攻擊，武藏決要阻止，危殆中，超人高斯終於回來。

从行星波利斯逃脱等候重返地球的空间盘龙号，自称“雷奥尼克斯猎人”的微妙女子侵入其中。同时，其他的宇宙人们也正暗中末尾举动，ZAP SPACY的船员们被捲入了这场争斗的漩涡中。就像凯特的遗言一样，崭新的雷奥尼克斯格斗曾经末尾了！？

从行星波利斯逃脱等候重返地球的空间盘龙号，自称“雷奥尼克斯猎人”的微妙女子侵入其中。同时，其他的宇宙人们也正暗中末尾举动，ZAP SPACY的船员们被捲入了这场争斗的漩涡中。就像凯特的遗言一样，崭新的雷奥尼克斯格斗曾经末尾了！？

在邪神加坦杰厄和迪迦奥特曼的决战结束后，人类世界迎来了长达两年的和平岁月。这一日，入间队长随同GUTS考古队来到位于南太平洋的远古遗迹露露耶，他们再次发现了业已毁灭的超古代城市以及三尊邪神的石像希特拉（婆裟羅天明饰）、达拉姆（松田優饰）及女领袖卡美拉（芳本美代子饰）。入间极力反对对古迹的触动，但丝毫无法改变上层的决定，最终导致三尊邪神复活，人类再度面临危机。与此同时，圆·大古（长野博饰）与柳濑·蕾

超古代的地球曾经拥有相当高度的文明，但宇宙联盟奥可夫·马纳夫担心人类文明会破坏宇宙的和平，所以出动大军将人类文明彻底消灭。时至现代，地球上已经筑起了新的文明，但宇宙联盟的威胁亦再次出现。为了人类的未来，凭借超古代文明而觉醒的12位星神战士，将担负起保卫地球的重任。

1997年，超级电脑炼金之星预测到地球将会破坏招来体所消灭。得知此事后人类用炼金之星的研究技术组成一个全球防御组织GUARD，而XIG则是GUARD的战斗力量。2000年，天才少年·高山我梦在一次试验中见到神秘的红色光之巨人。当破坏招来体第一次进攻的时侯，XIG起不到作用。此时，我梦坠入光之隧道，并再次看见巨人，他希望巨人能赐予力量保卫地球。于是，巨人与我梦合二为一，并与破坏招来体展开了战斗。在战