在一个晴朗明媚的日子里，自称废柴的学生君逆回十六夜（浅沼晋太郎配音）、温柔善良爱护小动物的春日部耀（中岛爱配音）以及高傲自大的大小姐久远飞鸟（布里德卡特•塞拉•惠美配音）各自收到一封邀请函，信中说道：“告知烦恼众多、拥有异能的少男少女，如果期望一试自己的才能，那么就抛弃世上的一切，到我等的‘箱庭’来”。原来他们三人均为拥有超能力的问题儿童。似乎接受了邀请，他们被抛入风景秀美的箱庭世界，并遇见说明人

“闇之书事情”（参照魔法少女奈叶A's）的10年后踏入19歳的高町奈叶、菲特·T·哈洛温、八神疾风三人，怀抱着彼此的友谊牵绊、为了追求各自的梦想完成而参与时空管理局，并以一流魔导师的身分生动。 　　在此当中，出现了新发现的太古遗产“圣遗晶石”（レリック），以及以此为目的而出现的谜样机械兵器“共鸣拓发者”（ガジェットドローン）。为了迅速对应日后被称为“圣遗晶石事情”的状况，八神疾风思索到设

平凡小镇，生活在五口之家的普通小学生高町奈叶（田村由香里配音）与好友月村铃鹿（清水爱配音）和爱丽莎·巴尼斯（钉宫理惠配音）过着无忧无虑的生活。这一日，她们偶然发现一只类似水貂的动物尤诺·斯克莱亚（水桥香织饰）。受伤的尤诺得到奈叶等人的救助，谁知接下来小镇便连续出现各种怪物。在尤诺的帮助下，奈叶利用RisingHeart变身成为魔法少女，击败了入侵的怪兽，并且得知关于能量结晶快JewelSeed的秘