《地球百子 第二季》故事紧接上季结尾，Clarke被单独关在一个白色的房间内。当她试图弄懂自己所处的诡异环境究竟是怎么回事时，Bellamy、Finn和Raven的命运仍然未知。Lincoln和Octavia的大胆计划被一个突然回归的敌人给破坏了。与此同时，Abby、Kane和其他方舟幸存者在这个美丽而危险的新世界中必须面对身体和道德上的双重困境。而Jaha竟然做出了一个英勇之举......

故事描述未来人类爆发核战争后，地球文明被彻底摧毁，幸存者不得不乘坐"方舟号"太空站四处流浪。97年之后，太空站上的幸存者们尝试重新对地球进行殖民。他们首先挑选了100名有犯罪记录的青少年到已经彻底改变外貌的地球表面进行探索，这些人成了人类生存下去的关键。