Booth蒙冤入狱，Brennan和杰斐逊学院团队竭尽全力帮助他逃过此劫。但是要想让Booth顺利出狱，他们首先要洗清他的罪名并查清这起案件背后的真相。导致Booth入狱的案件与政府阴谋密切相关，而一具16年前死亡的尸骸有可能成为破解迷局的关键。与此同时，Booth在监狱里的日子很不好过。即便他能够出狱，他还将面对一个政治野心很大的FBI探员（John Boyd）的挑战。在等待审判的过程中，Booth意识到他所在的监狱里关押了许多他亲手逮捕的罪犯，危险无处不在。另一方面，众人惊讶地发现Daisy怀上了Sweets的孩子！
为了揪出陷害Booth的幕后黑手，杰斐逊学院团队在特别探员James Aubrey的帮助下继续调查这起联邦政府历史上最大的阴谋案。有证据显示，这起阴谋可以一直追溯到J. Edgar Hoover（现代联邦调查局的创始人）时代。调查组在先前一名受害人的身上发现了与这起丑闻有关的DNA证据，这使得他们成功缩小了嫌疑人名单，或许案件真相很快将大白于天下。Lance Sweets在首集中不幸遇害，第二集将重点描述杰斐逊学院团队的所有成员如何表达内心的悲痛之情（当然，也包括Daisy）。「他们将以自己的方式举行葬礼。」即便是在这种令人伤心的时刻，该剧仍然保
在实习助手Rodolfo Fuentes（Ignacio Serricchio）的帮助下，杰斐逊学院团队开始调查一名有争议的保守派电台主持人的谋杀案——他的遗骸被人抛弃在一条雨水沟里。调查组通过调查受害人的「业余活动」发现了一些惊人的证据，这使得他们很快缩小了嫌疑人的范围。与此同时，特别探员James Aubrey（John Boyd）竭尽全力赢得Booth的信任。Brennan担心最近发生的一系列事情会影响Booth的心理健康。
